Era el dios creador, además de dios del agua, la justicia, la magia y la sabiduría en la mitología sumeria. Era hijo de An y Ki o de An y Nammu, su esposa era Ninhursag y era padre de Asalluha y Ninsikil. Gobernaba sobre el reino de Abzu, que era el mar de agua dulce situada dentro de la tierra, sustituyendo a su abuelo que lleva el mismo nombre que su reino.
En un mito vive en un lugar llamado Dilmun y allí fecundó a su consorte Ninhursag dando a luz a Ninsar, después de que su consorte lo abandonara fecundó a su hija con la que tuvo a Ninkurra, Ninsar también lo abandonó y se unió con su nieta dando a luz a Uttu. Con esta acaba el ciclo ya que Uttu contacta con Ninhursag y le advierte que evite los lugares con agua para no unirse a Enki. En otra versión Ninhursag extrae el semen de Uttu después de que la haya fecundado Enki y de él germinan 8 plantas que Enki come, quedando embarazado y no pudiendo dar a luz. Ninhursag se apiada de él y extrae el semen de Enki y lo pone en su cuerpo engendrando ocho dioses de la curación que se encargan cada uno de una parte del cuerpo.
Se decía que él había creado a la humanidad para servir a los dioses, ya que los dioses más jovenes se habían negado a seguir haciéndolo pero Enlil se cansó de ellos y envió varias calamidades para exterminarlos, Enki advirtió a Zuisudra (un humano) del propósito de Enlil y le ayudó a librarse de su aniquilación. Finalmente Enki mandó un diluvio que Zuidrusa evitó con su familia y varios animales, creando un arca que navegó durante siete días por el mundo, después de esto liberó a una golondrina, un cuervo y una paloma para buscar tierra firme.
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